宁南医院的前身为海原县人民医院，位于海原县新区，2008年按照二级医院标准批准立项建设，总建筑面积25070平方米，设置床位200张，项目总投资9247万元。2010年建成后，因海原县城搬迁问题闲置。为盘活国有资产，2011年12月自治区人民医院与海原县政府合作，正式托管组建宁南医院，协议托管期限为40年。托管后，自治区财政、自治区人民医院先后投入7000多万元，用于改造医院基础附属设施、购置医疗设备。医院现拥有先进医疗设备513台件，开设临床医技科室33个，业务辐射周边7个县（区），服务半径150公里。自治区人民医院按每年轮流选派的方式，长年配备医务人员300余人。宁南医院组建运行三年来，积极探索公立医院改革，出台多项惠民利民措施，得到了自治区社会各界充分肯定和山区群众普遍赞誉。但随着改革推进，医院所面临的困难和问题逐渐显现，在一定程度上制约了医院健康可持续发展，也引起了自治区有关领导和部门关注。